Как оформление вычета проходит для ИП - я не знаю.
Но как частное лицо ты можешь отдавать чеки за свои и за детские клиники, если ты была плательщиком. Нужны сами чеки или их копии (если оригиналы чеков хочешь себе оставить). В частных клиниках обычно дают лист формата А4 и к нему чек прикрепляют. Так вот я эти листы с чеками сдаю. Возможно, есть нюансы, если ты платила за ребенка или неработающего родителя, но при желании эту инфу можно легко найти.
Еще нужны договора с каждым мед. учреждением, чеки которого ты собираешься сдавать и справку из этих мед. учреждений, подтверждающую твои оплаты. Они такую справку делают бесплатно как правило в течение 10 рабочих дней. Иногда, даже за один день делают в твоем присутствии - по ситуации зависит.
Если чека нет - то получить вычет за него ты не можешь. Если только просить в частной клинике сделать дубликат как-то...
Сдавать в налоговую вместе с 3ндфл можно в любое время года (для физических лиц). Если не ошибаюсь, можно подать чеки за последние 3 года: например, в этом году ты могла получиться вычет за платные мед. услуги за 2012-2014 года.